Tudo bem. O instalador do Ubuntu é inteligente o suficiente para saber onde seus arquivos estão e evitar esses setores. Eu recomendaria que você desfragmentasse seu HDD antes de instalar o Ubuntu para minimizar o risco. Honestamente, o Ubuntu não precisa de muito espaço. Na minha escola, quando instalamos o Ubuntu junto com o Windows XP, geralmente damos ao Ubuntu cerca de 40 GB (metade do espaço disponível em disco). Eu pessoalmente instalei o Xubuntu no meu SSD e dei apenas 20GB (8 para swap e 12 para o sistema). Funcionou sem problemas.