A combinação (Office e Acrobat XI) deve funcionar de fato. O que você poderia fazer como primeiro passo é Reparar o Acrobat (que deve estar no menu Ajuda do Acrobat).
Além disso, o uso da macro PDFMaker para criar os PDFs é considerado "Melhor prática", porque obtém a maior parte do recurso do documento do Word (links, referências cruzadas etc.) no PDF; algo que um driver de impressora "imprimir em PDF" não realizará.
A Adobe afirma ter feito melhorias nas macros do PDFMaker com o Acrobat DC, o que significa que pode ser uma consideração atualizar para o Acrobat DC.
Se você não conseguir ajuda suficiente aqui, você também pode fazer sua pergunta em questions.acrobatusers.com, onde você pode encontrar outro grupo de especialistas de primeira classe.