Depende do seu projeto. Os arquivos de configuração podem estar em /etc/ , /var/www , /opt , mas eles não devem estar em /usr/ , /sys/ , ...
Se os arquivos de configuração estiverem em / etc, o gerenciador de pacotes perguntará o que fazer na atualização.
Normalmente, os arquivos de configuração do pacote têm o postfix .sample (por exemplo, /etc/project/config.xml.sample ).
E o usuário deve copiá-lo para config.xml e personalizar. Desta forma, eles não serão reescritos na atualização.