Resposta teórica e curta:
sim, algo pode ter corrido mal (embora não seja muito provável no seu caso específico).
A melhor coisa que você pode fazer é executar uma verificação de sistema de arquivos em qualquer um dos sistemas de arquivos que você possui.
(deixe o windows verificar o NTFS, deixe o linux verificar as partições ext, etc). Se tudo der certo e você não estiver perdendo nenhum arquivo pessoal / de dados, não deve haver motivo para preocupação.
A ferramenta de linha de comando para verificar a integridade dos seus sistemas de arquivos linux é: fsck
A ferramenta gráfica para verificação do sistema de arquivos no Ubuntu é: palimpsest