abra /Applications/Utilities/Activity Monitor
e observe o que está acontecendo.
Minha aposta é que o seu Mac está indexando toda a unidade, o que prejudicará seriamente o desempenho.
outro problema pode ser um diretório danificado - o sistema tentará reconstruí-lo se puder.
qualquer problema pode atrasar muito as coisas.
SE é indexação, você pode ir ao Spotlight (nas Preferências do Sistema) e configurá-lo para ignorar essa unidade, o que ajudará bastante ...