Isso pode depender do (s) vírus, mas a melhor prática é limpar o vírus primeiro, porque mesmo que o vírus não funcione no momento da inicialização, ele provavelmente ainda estará no computador, então você terá que fazer a varredura de qualquer maneira. Há algumas maneiras que eu uso para fazer isso, dependendo de como estou ocupado / preguiçoso.
Um é instalar um antivírus e verificar a máquina. Isso às vezes pode ser problemático dependendo do vírus. Às vezes é melhor instalar em safemode ou mesmo safemode com prompt de comando e digitalizar assim.
Meu método normal é puxar a unidade e usar outra máquina para digitalizá-la. Isso tende a ser a maneira mais fácil, mas você precisa de outra máquina e precisa ter certeza de que tem permissões em todas as pastas que precisa verificar.
Outra maneira é inicializar um dispositivo USB e executar a verificação sem iniciar o Windows.
Ou, se conhecer o vírus, você pode removê-lo manualmente no modo de segurança. Esse pode ser o caminho mais rápido com alguns vírus, se você souber exatamente o que está fazendo.