Normalmente, a partir do BIOS, você pode selecionar de qual dispositivo / unidade iniciar.
É placa-mãe dependendo ... mas normalmente você pode mudar a ordem de entrar no BIOS e salvar as alterações. Você pode até mesmo tentar desativar um HDD e ocultá-lo para o outro sistema operacional; Eu disse que você pode tentar porque algum sistema operacional pode, em alguns casos, superou esse recurso e ver o HDD no entanto.
Algumas BIOS permitem-lhe, pressionando uma combinação especial de teclas, para entrar em um menu reduzido com apenas a lista de dispositivos a partir dos quais você pode inicializar, então você pode selecionar o que você preferir.
Tudo depende do par de BIOS / Motherboard que você tem.