O Windows Server pode ser usado em várias funções que podem não exigir o .NET, por exemplo Servidor de Arquivos, DHCP, etc. Ativar significa que há uma área de superfície de ataque maior e você precisa aplicar patches de segurança a ele, o que pode exigir reinicializações do servidor, que não são divertidas em um servidor de produção. É uma boa idéia instalar apenas as coisas que você realmente precisa e, como todo mundo não precisará do .NET 3.0, ele não está habilitado por padrão.
Uma boa pergunta também é por que o .NET 2.0 é habilitado por padrão. Não estou familiarizado com o Windows Server 2008 e o que ele habilitou por padrão. Se o .NET 2.0 estiver habilitado por padrão, pode ser que algum componente do Windows o use.