Você não está usando uma instalação persistente do Kali. Kali, por padrão, carrega o sistema operacional da mídia na inicialização, permite que você faça o que você precisa e, depois de desativado, desaparece. Isso é conhecido como Live CD ou distribuição ao vivo, como inicializar um utilitário de um flash drive para fazer um teste de memória. Ele só funciona durante o tempo em que você especifica o sistema para inicializar e é como novo toda vez que você o executa.
Em vez disso, você precisa executar o instalador do Kali (pode ser feito na inicialização ou após a inicialização de um utilitário) e usá-lo para realmente gravar no VHD no Virtualbox:
Aqui está um guia que cobre isso. Deixe-nos saber se isso é insuficiente e vou incluir etapas mais detalhadas, mas isso deve levá-lo em seu caminho. link