Acho que é porque você está chamando Out-File depois que sai do loop For. Então deve ser o suficiente colocar isso dentro do loop Foreach.
Deve ser algo assim:
Import-Csv "C:\users\alex.piwowar.adm.j2global\desktop\GroupList.CSV" |Foreach-object{
$Location=$_."Location"
Get-ADGroup -Filter {name -like "*$Location*"} | Select name | Out-File c:\Group.txt -Append
}