Eu também estava tendo esse problema. Enquanto procurava alternativas, encontrei o gravador de áudio (https://launchpad.net/~osmoma/+archive/audio-recorder) e, quando o instalei, notei que ele também instalou várias bibliotecas relacionadas ao gstreamer (que eu me lembro de ter previouly mas provavelmente foram desinstalados durante minha atualização para 12.10).
Então, por curiosidade tentei o gravador de som novamente depois que as bibliotecas do gstreamer foram instaladas, e o que você sabe, estava funcionando bem agora.
Portanto, a resposta curta é: Parece que o problema é que você está perdendo algumas bibliotecas do gstreamer.
Esta é a lista de pacotes extras que foram instalados pelo gravador de áudio (e que corrigiram meu problema): gstreamer1.0-plugins-base gstreamer1.0-plugins-boa gstreamer1.0-pulseaudio gstreamer1.0-x libgstreamer-plugins-base1.0-0 libgstreamer1.0-0
Então, embora eu não possa ter certeza de qual deles realmente consertou o gravador de som, tenho certeza de que era um deles. :).