Verifique se a barra de ferramentas 'Filtro rápido' está ativada e selecione 'Não lida' para exibir mensagens não lidas. Em seguida, selecione também o ícone 'pino de desenho': isso mantém as configurações de filtro rápido mesmo quando você altera a pasta.
Isso significa que você vê apenas mensagens não lidas em qualquer pasta visualizada. (Se você estivesse perguntando sobre como ver mensagens não lidas apenas em uma pasta específica, não há uma configuração do Thunderbird que faça isso.)