Você não pode usar aspas simples em barra invertida entre as strings com aspas simples, mas é possível fazer aspas duplas entre barras invertidas entre aspas duplas. Então você poderia fazer isso:
ssh [email protected] "bash -lc \"pm2 list | grep app | awk '{ print \\ }'\""
Você precisa escapar do $ no programa awk duas vezes para evitar que os $ 3 sejam expandidos, primeiro pelo shell local e depois pelo remoto.