Quando você clona um disco rígido (não uma partição, mas um disco rígido inteiro), toda a estrutura de partição da segunda unidade é substituída.
Se você clona a unidade A para a unidade B, ela faz (eu acho) byte para byte .. (com alguns ajustes na geometria do disco rígido) e espaço vazio.
Eu usei o Macrium Reflect (é gratuito por sinal), e fiz uma imagem de uma unidade e a escrevi para outra, e sim, ela escreve sobre a estrutura existente. Mas, ao contrário do dd, ele também faz ajustes para a geometria do disco rígido. Portanto, os discos rígidos não precisam ter o mesmo tamanho. E, ao contrário do dd, ele leva em conta o espaço vazio em vez de copiá-lo cegamente, para que você não precise desfragmentar. Há uma dúvida sobre se a clonagem clonezilla faz. Eu acho que sim.