Este é um bug conhecido (e ainda aberto) com Robomongo, provavelmente relacionado a erros semelhantes no Qt. Você pode acompanhar o problema aqui:
Por enquanto, como você observou, uma reinicialização é necessária para que ele atenda às alterações.
Instalei Robomongo 0.8.4 (uma ferramenta de administração mongodb ) no Ubuntu 13.10 com um pacote deb baixado do site oficial.
Quando eu alterno o layout do teclado, ele alterna para todo o sistema, mas não afeta Robomongo , que continua usando o mesmo.
O layout correto do teclado é definido em Robomongo quando você o reinicia. Mas é claro que reiniciar o programa apenas para trocar o teclado é doloroso.
Alguém encontrou um problema desse tipo ou pode ser outro?