O PHP carrega arquivos .ini adicionais de um determinado diretório. Em uma caixa Debian 8, esse diretório é: /etc/php5/apache2/conf.d
.
Os arquivos nesse diretório são carregados em ordem alfabética, portanto, nomear um arquivo 00-overrides.ini
(por exemplo) fará com que ele seja carregado primeiro. As configurações definidas nesse arquivo substituirão as configurações definidas no arquivo php.ini padrão.