Os arquivos que terminam com tilda ~ são geralmente arquivos temporários, provavelmente deixados por algum editor. Então depende do software
Os arquivos começam com ponto. são arquivos ocultos pelo design do UNIX (e linux).
A finalidade dos arquivos temporários é fornecer backup em caso de falha do editor, o que pode colocar o arquivo editado em condições imprevisíveis. Se você tiver certeza sobre a condição do arquivo editado, poderá salvar arquivos temporários remotos.
O propósito dos arquivos ocultos é (óbvio) esconder alguns arquivos da aparência "first / fast" dos arquivos no diretório específico. Geralmente eles mantêm algumas configurações. O mesmo (ponto como primeiro símbolo no nome) é verdadeiro sobre diretórios. Geralmente é sensato não tocar em arquivos ocultos, a não ser que você saiba exatamente o que deseja realizar