Ao abrir um arquivo, o Notepad ++ criará uma pasta chamada "Notepad ++" no diretório de trabalho atual. A pasta terá 5 arquivos config.xml, contextMenu.xml, langs.xml, shortcuts.xml e stylers.xml.
Você talvez consiga corrigir esse problema desativando a opção do serviço de nuvem (disponível nas versões mais recentes do Notepad ++). Configurações - > Preferências - > Nuvem selecione "Sem Nuvem" , se um serviço for selecionado mas desativado (esmaecido), então é uma boa indicação de que é a causa do problema.
Uma ocorrência comum é selecionar a opção de nuvem enquanto um serviço de nuvem está instalado e em execução. Em seguida, removendo ou desativando o serviço. O Notepad ++ irá aclarar a caixa de rádio, mas não desmarcá-la (porque a pasta ainda existe neste ponto) em uma data posterior se a pasta local, que armazena em cache os arquivos de serviços de nuvem, for excluída, então o Notepad ++ reverterá para salvar arquivos de configuração no diretório de trabalho atual.