O truque é adicionar diretivas CustomLog dentro de cada VirtualHost em seus arquivos de configuração do Apache. Por exemplo:
<VirtualHost *:80>
ServerName www.site1.com
DocumentRoot /var/www/www.site1.com/htdocs
CustomLog /var/log/apache/www.site1.com-access.log combined
ErrorLog /var/log/apache/www.site1.com-error.log
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerName www.site2.com
DocumentRoot /var/www/www.site2.com/htdocs
CustomLog /var/log/apache/www.site2.com-access.log combined
ErrorLog /var/log/apache/www.site2.com-error.log
</VirtualHost>
Existem exemplos mais úteis aqui .