Você tem várias opções para escolher. Você pode escrever uma função para fazer isso, ou você pode escrever um script de shell (bash) que você também pode usar dentro do alias. E é claro que você pode tentar escrever um verso para fazer a mágica.
Eu penso em um comando na seguinte estrutura (como one-liner):
for pdf in *.pdf; do pdftotext "${pdf}"; filename='basename -s .pdf "${pdf}"'; newname='awk 'NR==41' "${filename}.txt"'; mv "${pdf}" "${newname}"; done;'
Quais podem ser reestruturados como:
for pdf in *.pdf
do
pdftotext "${pdf}"
filename='basename -s .pdf "${pdf}"'
newname='awk 'NR==41' "${filename}.txt"'
mv "${pdf}" "${newname}"
done
Este arquivo pode ser salvo como script de shell e adicionado à lista de aliases sob qualquer nome que você desejar.