De acordo com os meus testes e estes três páginas , os TIFFs com várias camadas ou várias páginas têm a tag PageNumber e os TIFFs transparentes têm a tag ExtraSamples definida como 1 ou 2 .
Quando souber disso, é fácil usar ExifTool para mover TIFFs com várias páginas e transparentes em um diretório separado:
exiftool -if "(($PageNumber) || ($ExtraSamples#>0))" -directory=Moved *.tif*