É uma péssima ideia continuar usando um disco rígido moderno que você sabe que está falhando. Se um disco rígido está tão danificado que está expondo setores defeituosos ao usuário final, é hora de substituir a unidade. Há uma probabilidade muito alta de que a unidade desenvolva mais setores defeituosos no futuro imediato.
Você fala sobre o uso de várias partições de disco pequenas como forma de proteger seus dados. Na verdade, não protege seus dados. A criptografia do disco rígido seria um meio melhor de proteger seus dados. Se, em vez disso, você quiser proteger seus dados contra perdas, uma abordagem muito melhor seria a realização de backups regulares e verificados de seus dados. Lembre-se, o RAID não é um backup, mas se você executar o RAID5, poderá sobreviver a uma única falha na unidade. Se você executar o RAID6, poderá sobreviver a uma falha de duas unidades. Nenhum deles é um backup.
Agora particionei pessoalmente meus sistemas Linux com várias partições pequenas e com um pequeno número de partições grandes. Hoje em dia, não acho que valha a pena usar várias partições pequenas. Não houve quase nenhum benefício, e muito trabalho para configurar tudo. Mas esta é apenas minha opinião. Você é livre para adotar qualquer abordagem que achar que o beneficiará.