Você pode conseguir tudo isso por meio da política de grupo.
Navegue para:
User Configuration -> Policies -> Administrative Templates ->
Windows Components -> Internet Explorer
Aqui está um exemplo de como alterar o comportamento do pop-up:
Existemmuitasopçõesquevocêpodelersobremaisconfigurações
Para fazer isso através de um script, você pode editá-los diretamente no registro via VBS ou PowerShell.
Veja: Configuração do registro para compatibilidade do IE ver configurações para adicionar um site?