Você está colocando os dados marcados como "espaço livre", mas não está realmente excluindo-os.
Cuidado com a possibilidade de recuperar seus dados, se assim for.
O geralmente chamado "formato completo" geralmente requer mais tempo, pois ele apagará todos os seus dados e substituirá os dados por zeros, além de verificar o disco rígido em busca de erros e setores defeituosos.
Antes do Windows Vista, o "formato completo" não escreve zeros em seus dados, então você pode considerar um programa de terceiros para isso. (editado para endereçar o que @Daniel disse nos comentários)
Normalmente, é a opção mais segura e de preferência se o tempo não for um problema ou se você precisar garantir que ninguém possa recuperar seus dados.
Em relação aos riscos acima, não há diferença. Com cada formato, o sistema operacional grava a estrutura do sistema de arquivos e essa estrutura é o ponto de partida para cada acesso ao sistema de arquivos. Não faz diferença se os setores não utilizados forem zerados ou preenchidos com dados aleatórios.