Então eu finalmente consegui e fui em frente. A partir de abril de 2015, o mecanismo de sincronização do OneDrive no Windows 8.1 é sofisticado o suficiente para reconhecer os arquivos e evitar todos os problemas que eu temia na pergunta. Cliquei no ícone da área de notificação e cliquei em "Continuar a sincronização". Embora tenha começado a retomar, copiei os arquivos locais para as pastas do OneDrive, escolhendo 'substituir todas' as cópias do OneDrive não baixadas. Depois de um momento, o Windows percebeu que eles eram os mesmos arquivos e não os carregou / duplicou.
No entanto, tive alguns problemas.
1) Como eu não sincronizei o OneDrive na área de trabalho por tanto tempo, quando cliquei em 'resume', parecia que nada estava acontecendo. Mas tenha a certeza de que está realmente sincronizando. Não havia como pausar a sincronização enquanto ela estava em processo de retomada.
2) Eu acidentalmente clicou em 'fazer apenas on-line' na pasta do OneDrive no explorador de arquivos, enquanto estava retomando a sincronização. Não faça isso. Isso estragou tudo, causando algumas duplicatas (com o nome do computador desktop com os nomes dos arquivos). Felizmente, apenas uma pequena parte dos arquivos foi duplicada. Isso resultou, por exemplo, em um DSC_0001.jpg [o original, somente online, em sincronização] e um DSC_0001-brianPC.jpg [disponível off-line, sincronização]. Se eu tentei apagar o DSC_0001-brianPC.jpg e então substituir o DSC_0001.jpg pela versão local, ele teve que re-carregar o DSC_0001.jpg infelizmente. Por isso, não clique em "apenas online".
3) Antes de começar, decidi executar a solução de problemas do OneDrive para redefinir o OneDrive nessa área de trabalho. Eu pensei que o OneDrive iria começar do zero novamente, naquela área de trabalho, mas na verdade os arquivos e pastas do OneDrive não foram afetados. Na verdade, a sincronia foi retomada depois, mais cedo do que eu queria. Isso realmente não importava no final.
Extra
Eu suspeito que um fator que pode determinar se o OneDrive irá reconhecer (ou seja, não duplicar) os arquivos depende dos metadados de 'data de modificação'. Espere, acho que não. Talvez seja mais para fazer com que disco rígido os arquivos que você está usando para substituir os arquivos do OneDrive estejam ativados. Ou talvez simplesmente fique confuso se você acidentalmente criar arquivos apenas online.