Os cabeçalhos / rodapés são por seção. Então você pode ter um cabeçalho de primeira página (e um cabeçalho "regular") na Seção 1, mas não na seção 2.
Quando o ponto de inserção estiver na área de cabeçalho da seção que você deseja alterar, com a faixa mostrando "Design" e "Ferramentas de cabeçalho e rodapé", você poderá desmarcar a caixa "Primeira página diferente".
Se o cabeçalho na terceira página mostrar "Seção 9", será como se você tivesse muitas quebras contínuas de seção de página ou texto oculto. Você deve ser capaz de exibir a maioria dessas coisas usando o botão mostrar / ocultar (guia Início, grupo Parágrafo).
Também é possível, embora menos provável, que parte do conteúdo do seu documento esteja sendo inserido por códigos de campo. Nesse caso, é necessário usar Alt-F9 para alternar entre a visualização "código de campo" e "resultados de campo" veja o que está acontecendo.
Também é possível que o seu documento esteja corrompido.