Um exemplo de um arquivo .desktop para selecionar o editor do terminal vim para seus arquivos no diálogo Open with other application é
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Vim Text Editor (Console)
Comment=Edit text files in a console using Vim
Exec=vim %u
Terminal=true
Type=Application
Icon=/usr/share/pixmaps/vim.svg
Categories=Application;Utility;TextEditor;
StartupNotify=true
MimeType=text/plain;
NoDisplay=true
Salve isso como ~/.local/share/applications/vim.desktop e o aplicativo será mostrado automaticamente em Open with other application para ser selecionado como aplicativo padrão.
As opções para os arquivos .desktop são muitas, mas é importante saber o que elas significam.
nautilus-actions.org fornece um excelente guia e explicações para a criação do seu .desktop arquivos e todos os parâmetros possíveis que você pode usar neles, então se você tiver alguma dúvida sobre como criar um arquivo .desktop especial, você pode visitar o site e ver os exemplos lá.