Você também pode considerar colocar a função time nas células do Excel para garantir que ela seja fornecida corretamente.
Em vez de colocar 01:49 ou 00:01:49 coloque = time (0,1,49) e é garantido que ele seja tratado como um tempo e não como uma string (ainda formatá-lo como mm: ss para exibição correta).
Como alternativa, calcule o tempo decimal no seu script e coloque-o na célula.
1/24/60 + 49/24/60/60 = 1 minuto e 49 segundos.
Dependendo de como você tem tempo armazenado em uma variável, isso pode resultar na necessidade de analisar os dados, mas contornar o problema de coisas que vêm como uma string.