O padrão ECMA-48 (e ISO / IEC 6429 e ANSI X3.64) define uma paleta de 16 cores com cores específicas - preto, vermelho, verde, amarelo, azul, roxo, ciano, branco. Na captura de tela, htop solicita ao terminal que use a entrada de paleta # 1 como primeiro plano e a entrada de paleta # 7 como plano de fundo.
A escolha, portanto, é razoável, já que # 1 em # 7 resultará em black-on-cyan em qualquer emulador de terminal compatível. Os programas têm não forma de saber que você mudou o slot "preto" para algo quase branco.
O Terminal do GNOME tem configurações separadas para o primeiro plano padrão & cores de fundo. Se você quiser que o terminal seja preto-sobre-branco, altere essas configurações, em vez de redefinir os slots regulares para que eles não sejam.
E se alguns programas selecionam explicitamente preto como plano de fundo geral, veja se você pode alterar o esquema de cores nesses programas. No htop, pressione F2 e selecione "Monochromatic" ou "Black on White" ou "Light Terminal" como o esquema de cores.