Resolvi isso, posso simplesmente 'cat' e produzir um executável PE a partir do próprio Linux. Aqui vai:
# cat 7zS.sfx config.txt FILE.7z > FILE.exe
Onde 7zS.sfx é o arquivo SFX do pacote 7-zip 'extras', 'config.txt' é o arquivo de configuração de acordo com as instruções da documentação e 'FILE.7z' é um arquivo 7-zip produzido usando o arquivo nativo. Linux p7z.