Normalmente, não. Ao reinstalar o MySQL, os bancos de dados existentes geralmente não são removidos. É por isso que você pode ver notas para descartar os bancos de dados antes de desinstalar, se você for dessa maneira.
No entanto, se ainda não tiver certeza, crie uma cópia de backup do conteúdo da pasta data , que conterá todos os seus bancos de dados. Você verá muitas arquivos .frm dentro.
Depois de reinstalar e, por acaso, a pasta de dados estiver vazia, devolva o conteúdo.