Bonitinho :-) Eu salvaria o problema e escolheria a opção manual "play button": você pode chegar a uma precisão de < 1 segundo, o que parece bom o suficiente. Sincroniza no relógio dos seus computadores (que são configurados com sincronização NTP?).
Com relação ao problema de eco de som (provável), você está assistindo aos programas em seus computadores ou na TV? Usar fones de ouvido seria uma solução desde que você estivesse assistindo os programas do seu computador, caso contrário, poderia ficar mais complicado (um microfone muito direcional ou um fone de ouvido?).