Sim. Instalar uma nova placa-mãe não irá formatar automaticamente o disco rígido. A formatação é algo que você precisa tomar medidas explícitas para fazer.
Agora, se o disco rígido for o host do sistema operacional e esse sistema operacional for o Windows, você poderá se deparar com problemas. Se for a mesma marca e modelo de placa-mãe, o Windows pode exigir reativação e / ou uma nova chave de licença, dependendo do seu licenciamento. Se for uma marca ou modelo diferente de placa-mãe, você provavelmente precisará reinstalar o Windows para evitar problemas significativos com os drivers. Mesmo assim, no entanto, você geralmente não precisa reformatar sua unidade.
Como regra geral, você vai querer fazer um backup completo e confiável antes de fazer uma mudança tão radical. Além disso, como você provavelmente sabe, o Windows XP já passou do fim da sua vida útil e tem vulnerabilidades conhecidas tornando inseguro o uso em um ambiente de rede.