Você pode enviar o comando para o Emacs (executando no modo de servidor) usando emacsclient
.
Por exemplo:
emacsclient --eval "(org-search-view nil """pattern""")"
Se o elisp se tornar muito complexo, talvez seja melhor envolvê-lo em um arquivo que você possa carregar. Por exemplo:
fun.el
(defun my/search (pattern)
(with-current-buffer "BUFFER-NAME"
(search-forward pattern)))
linha de comando
emacsclient --load fun.el --eval '(my/search "PATTERN")'