Isso é um absurdo simples. Múltiplas zonas por servidor DNS são suportadas no BIND 9.x, têm sido suportadas desde as versões mais recentes do do BIND, e todos os outros servidores DNS (que eu vi) suportam isso também.
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O BIND 9 Manual de referência do administrador fala sobre "algumas zonas" (plural) em capítulo 1 , e até inclui uma configuração de exemplo para três zonas em um único servidor em capítulo 3 .
The BIND name server can simultaneously act as a master for some zones, a slave for other zones, and as a caching (recursive) server for a set of local clients.
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Voltando no tempo, o BIND 4.8 O código-fonte datado de 1987 tem um arquivo de configuração de exemplo "named.boot" que lista três zonas separadas e uma cópia de RFC 883 que novamente fala sobre um servidor com várias zonas na introdução.
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Há também nenhuma razão no próprio DNS para um limite de uma zona por IP, já que o nome completo do domínio é enviado em cada consulta, afinal, o servidor sempre sabe o que deve responder com.
(Talvez o colega de trabalho estivesse pensando em HTTPS em sistemas mais antigos antes que o TLS SNI se tornasse difundido?)
Você diz que não pode obter um segundo nome de domínio para funcionar. Por favor, publique uma nova pergunta e descreva a parte "não funciona" em termos menos vagos (por exemplo, receber mensagens de erro, respostas erradas a consultas, etc.), talvez postar algumas mensagens do syslog do BIND ou dig
output mostrando os problemas.