Essencialmente, você precisa assumir a propriedade de alguns deles, mas dar a propriedade ao TrustedInstaller para os outros. Se você não tem certeza de qual deve ser, então talvez seja melhor deixar uma ferramenta fazer isso por você ...
Eu usei as ferramentas tweaking.com para recuperar com sucesso os perms do sistema triturados antes, inclusive quando alguém 'inteligentemente' conseguiu remover TrustedInstaller como proprietário de metade do sistema & tomou posse de tudo o que eles puderam encontrar.
Você pode, para ser honesto, fazer o mesmo a partir da linha de comando, mas, francamente, a menos que você tenha uma configuração muito pedante, é mais simples definir as coisas de volta para os padrões do Windows.
Experimente a ferramenta "tudo em um" ou um dos ajustes mais específicos, se souber exatamente para onde está indo ...
Eles também têm algumas boas notas sobre como inicializar na configuração mais limpa possível para que as ferramentas possam fazer seu trabalho - inicialização limpa
Para arquivos que não são do sistema, a propriedade é provavelmente mais fácil, & você não deve precisar do TrustedInstaller se todos eles não forem arquivos do sistema
Em um prompt de comando elevado, use takeown /F <filename>
para forçar a propriedade dos arquivos.