Não há uma resposta perfeita para essa pergunta, mas posso tentar dar algumas orientações sobre como escolher. Qual CPU é melhor depende do tipo de software que você está tentando executar. Se ele foi escrito para rodar perfeitamente em paralelo, o processador quad core será melhor, porque ele pode usar todos os 4 núcleos ao mesmo tempo para executar cálculos. Se o software não for escrito para ser executado em paralelo (todos os seus cálculos devem ser executados um após o outro), o processador de núcleo único executará melhor porque possui um clock maior.
Se o seu software estiver perfeitamente otimizado para rodar em paralelo, você pode calcular quantas instruções por segundo seu microcontrolador pode calcular usando
number_of_cores * frequency_of_computations = instructions_per_second
Para os dois exemplos listados acima, no caso em que o software pode ser executado perfeitamente em paralelo
Single Core 1.7Ghz
1 core * 1.7 GHz = 1.7 billion instructions per second
Quad Core de 1,4 Ghz
4 cores * 1.4 GHz = 5.6 billion instructions per second
Mas se o software precisar ser executado em ordem seqüencial, o número de intruções que você pode executar por segundo é simplesmente a freqüência do clock
Para os dois exemplos acima, no caso em que o instrcuction deve ser executado em ordem seqüencial
Single Core 1.7GHz
1.7 billion instructions per second
Quad core de 1,4 GHz
1.4 billion instructions per second
Como você pode ver, dependendo do software em execução no sistema, o microcontrolador pode ser o melhor. É aqui que você, como designer, tem que tomar uma decisão. Você tem que se perguntar: como o software irá interagir com o hardware? Com base na sua resposta a essa pergunta, você precisará decidir qual tipo de hardware gostaria de usar.