A melhor maneira é abrir os aplicativos / programas que você não deseja iniciar a execução ao ligar o PC. Verifique cada um desses programas se houver uma opção para desativar a inicialização automática e a atualização automática. Se não houver nenhuma opção, use Autoruns . Execute-o como Administrador e desmarque o programa (que não tem opção de desativar a inicialização automática) que você não deseja iniciar com o seu PC. Procure também por Services.msc (execute como administrador) e altere os serviços que não deseja iniciar com o seu PC de Automático para Manual. Mas tenha cuidado, porque se você não sabe o que está fazendo, pode estragar o seu PC. Verifique também o seu Agendador de Tarefas , onde você pode desativar as tarefas que não precisa executar.
Você não precisa mexer com msconfig.exe porque se eu souber corretamente, ele serve para verificar seu sistema (solução de problemas).