Contanto que seus endereços IP estejam bem definidos, talvez você não tenha colisões, mas uma boa abordagem pode estar usando máscaras de sub-rede e ACLs no roteador para que o tráfego de uma sub-rede não tem acesso ao tráfego da outra sub-rede. Eu só sei como configurar as ACLs nos roteadores Cisco, então, se for outra marca, não posso ajudá-lo muito. Mas a sub-rede pode ser usada em (quase) qualquer roteador, você só precisa configurar sua rede assim:
Subnet A
Gateway: 192.168.1.127 and subnet 255.255.255.128
Apenas IPs no intervalo de 0,1 a 0,127 terão acesso direto entre eles.
Subnet B
Gateway: 192.168.1.254 and subnet 255.255.255.128
Da mesma forma, apenas IPs na faixa de 0,129 a 0,254 terão acesso direto entre eles.
Se qualquer computador dentro da sub-rede A quiser se comunicar com qualquer computador dentro da sub-rede B, terá que passar pelo roteador, e é aí que as ACLs entram em ação, elas podem bloquear ou permitir acesso a determinados IPs ou bloquear qualquer IP de uma determinada sub-rede completamente.
É claro que os swicthes devem se conectar a diferentes portas ethernet do roteador (cada um é o respectivo gateway para cada sub-rede, o roteador deve permitir que você especifique um endereço IP para cada porta), caso contrário você deve implementar VLANs e usar um tronco porta para conectar.
Estou um pouco enferrujado agora em relação à rede, mas espero que isso ajude você.
Boa sorte.