Colocando seus arquivos em:
~/.vim/colors/
por exemplo:
~/.vim/colors/base16-bright.vim
e fazendo:
:colorscheme base16-bright
ou anexando:
colorscheme base16-bright
para o seu ~/.vimrc
deve funcionar, mesmo com essa distribuição estúpida.
O próprio Yadr não "torna a instalação do dotfiles etc muito mais fácil para o vim", mas a parte "vim" dessa distribuição estúpida usa o Vundle, um gerenciador de plugins popular, então você provavelmente deve jogar bola e instalar o base16 através do Vundle uma linha para esse arquivo.
Ou se livre dessa porcaria e configure seu ambiente você mesmo .