Com o modelo aberto (isso é necessário, pois os menus de navegação são sensíveis ao contexto), escolha "Sincronizar modelo" ou "Sincronizar com qualquer origem" em "Banco de dados".
Conforme exibido na documentação do Mysql Sincronização do banco de dados .
Não consigo encontrar este Synchronize Model with Database window / wizard em Database ->
Eu tenho o Mysql Workbench 6.0.9.11421 build 1170 Community Edition
Com o modelo aberto (isso é necessário, pois os menus de navegação são sensíveis ao contexto), escolha "Sincronizar modelo" ou "Sincronizar com qualquer origem" em "Banco de dados".