Você tem que pensar maior, já que find.exe e sort.exe são ferramentas padrão do Windows que estão disponíveis na maioria das máquinas Windows. Também é possível que outros programas, além do Windows, os usem.
Uma situação comum quando as ferramentas de linha de comando são usadas no Windows é a instalação de algo. Este pode ser um novo programa instalado manualmente por você ou uma atualização (automática) do Windows (ou outros programas já instalados). O problema aqui é que é muito difícil prever o que vai acontecer. Um programa / script bem escrito terminará com uma mensagem de erro significativa. Mas também pode haver um script que dependa do comportamento exato dessas ferramentas e destrua você quando alterá-las.
Você precisa dessas ferramentas do cygwin no seu caminho? Se você só precisar deles ocasionalmente, poderá adicioná-los temporariamente ao seu caminho quando quiser usá-los:
path=C:\your_path_here;%PATH%
(edit: o novo caminho precisa estar na frente para que os executáveis do cygwin sejam preferidos aos do windows)