Depende um pouco também do estado em que o sistema está quando esse problema ocorre (ou seja, o que ainda pode ser feito e o que não acontece com o sistema de arquivos nesse estado).
Dito isso, uma solução clássica poderia ser habilitar o watchdog e fazer um pequeno aplicativo (pode até ser um shell script muito simples que monitora a saída "dmesg" ou "mount" para a situação que você está vendo) atualiza se tudo parece bem.
Eu sugeri o watchdog em vez de uma chamada normal para uma "reinicialização" manual, já que se o sistema de arquivos estiver em mau estado, pode ser até mesmo impossível executar partes do sistema de arquivos.
Uma consulta ao bigG para uso específico do Raspberry PI Watchdog me deu este link que pode ser muito útil para você