Use o MBR. Como você descobriu, o Windows XP e versões anteriores não entendem o GPT. O método que você usou para tentar contornar essa limitação é essencialmente recriar um hack feio e perigoso conhecido como um híbrido MBR, embora eu suspeite que você esteja fazendo isso de uma maneira um pouco diferente, que está causando problemas para o Windows 7. (Geralmente, o Windows Vista através de 8.1 vê o MBR de um MBR híbrido "convencional"). leia a página vinculada, que descreve os MBRs híbridos, incluindo suas desvantagens, com algum detalhe.
Observe que, como o Windows Vista e posterior tratam discos MBR híbridos como discos MBR convencionais, não há vantagem em utilizá-los em um ambiente somente do Windows. Eles são limitantes e perigosos, portanto, você acabará com todos os inconvenientes e nenhum dos benefícios de um MBR híbrido.
A única outra solução que conheço é usar um driver GPT para versões anteriores ao Windows Vista. Essas coisas existem para o Windows XP, embora eu não tenha URLs de improviso. Não sei se esse driver existe para o Windows Me ou anterior. Naturalmente, esse driver teria que ser pré-instalado em qualquer computador com o qual você deseja usá-lo, o que pode ou não ser um fator decisivo para você.
No geral, é melhor usar o MBR na sua situação. Se você precisar identificar uma partição exclusivamente, tente usar o rótulo de volume para isso.