Concordo com a resposta de Alex McKenzie de que você deve desconectar outras unidades no sistema ao criar a nova imagem de boot na unidade conectada via USB, mas acho que você ainda pode ter problemas com o fato de que a unidade foi conectada de uma maneira (via USB) quando criada e de outra maneira (via SATA) no segundo sistema ao ser lida.
No entanto, se você criar problemas de dados de configuração de inicialização, há uma ferramenta gratuita que usei que ajusta essa configuração com muita facilidade: EasyBCD .