Duas soluções alternativas:
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Tente definir o modo de exibição da placa gráfica no modo clone , para que a mesma tela seja exibida no projetor e no monitor. Defina a resolução para o valor mais alto que tanto o projetor quanto o monitor podem exibir. Deve solucionar todos os possíveis problemas de exibição dupla no VLC, mas pode não ser uma solução ideal a longo prazo.
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Altere a posição da legenda nas preferências do VLC, Subtítulo / OSD > Forçar posição de legenda , tente um número negativo como -200 e veja se isso ajuda. Isso funcionaria em torno de um posicionamento fora da tela das legendas causado pelo projetor sendo definido para a resolução errada, ou um tamanho errado da janela do VLC.