Você pode. Já que você pode de alguma forma inicializar no Ubuntu, faça isso e baixe e instale o Reparo de inicialização. Você pode encontrar todas as informações aqui . A configuração básica é suficiente para resolver a maioria dos problemas (não todos). Isso configurará corretamente o GRUB para oferecer uma opção entre o Ubuntu e o Windows, e o Grub é inteligente para procurar em todos os discos por partições inicializáveis, não apenas pelo que está sendo chamado.
Por acaso, isso provavelmente significa que você não pode mais usar o Wubi. E isso pode ser um movimento mais inteligente do que você suspeita, já que o Wubi cria um grande número de problemas e seu desenvolvimento foi abandonado.