O problema parece ser que você tem uma configuração para quando o usuário está logado e outra configuração quando está no greeter (lightdm).
Eu resolvi esse problema editando /etc/UPower/UPower.conf e alterando IgnoreLid=false para IgnoreLid=true no final do arquivo.
Após reiniciar, fechar a tampa não colocou mais o computador em suspensão.
Eu usei essa pergunta como referência: Parar o laptop de suspender ao fechar a tampa no lightdm
Nota: alguém perguntou se isso não desativaria o comportamento da tampa para todos os usuários. Eu realmente não sei.