Não posso dizer sem o script completo, mas se eu fosse adivinhar, eu diria que ele está chamando o ldconfig para garantir que as bibliotecas compartilhadas mais recentes tenham sido vinculadas antes que a próxima parte do script seja executada.
Como não há nenhum caminho especificado, ele criará quaisquer links necessários com base nos componentes internos da biblioteca (isso variará com base em sua distribuição, se você instalou algo novo, quais bibliotecas você instalou).
Se você deseja ver especificamente o que está fazendo, basta alterar o caminho de saída de stderr e stdout de /dev/null para um arquivo de texto ( /home/user/ldcheck.txt ou similar) e examinar o conteúdo após a execução do script.
Quanto ao conteúdo de ld.so.conf.d - que normalmente contém apenas as configurações padrão do caminho da biblioteca para coisas como libc.
Isso é tudo muito normal, então é melhor você mencionar quais são seus problemas reais, duvido que o ldconfig seja a causa dos seus problemas, a menos que esteja causando erros, é claro.