O arquivo de hosts sempre se aplica a todo o sistema. Uma coisa que você pode fazer é tornar seu arquivo de hosts assim:
#NAS 192.168.1.3 NAS #Alternative NAS 192.168.1.2 NAS2
Você usaria o NAS2 como host em vez de NAS, para aplicativos que você precisa conectar a um servidor diferente. Você pode simplesmente adicionar o NAS2 aos seus hosts, então o NAS será resolvido com o DNS.
#Alternative NAS 192.168.1.2 NAS2
Espero que isso ajude